Pada tahun 1973 Jurusan Science dibuka pada Fakultas Keguruan dengan bidang Ilmu Biologi dan Kimia. Pada Tahun 1987 Jurusan Ilmu Pasti bergabung dengan Jurusan Science , menjadi Jurusan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam dengan program Studi Matematika , Biologi, dan Kimia. Pada tahun 1990 di buka Program studi Fisika Diploma tiga (D3), dan kemudian pada tahun 1994 menjadi program Strata satu (S1) .
Tahun 1990 melalui kerjasama Canada untuk pengembangan Universitas-Universitas Di Timur Indonesia ( P2T.IT-CIDA atau EIUDP CIDA) di bentuk Unit Pelayanan MIPA (UP – MIPA). Pembentukan UP – MIPA ditetapkan dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan KebudayaanRI No. 0548/O/1992 tanggal 18 November 1998, dengan program pelayanan MIPA dasar dan peningkatan kualitas SDM khususnya pengembangan kualitas Dosen melalui program pendidikan S1, S2, S3, dan pendidikan non gelar.
Pengembangan UP-MIPA ditunjang oleh berbagai proyek kerja sama seperti proyek Pengembangan Sebelas Lembaga Pendidikan Tinggi ( PSLPT) , ADB untuk pembangunan Fisik dan peralatan Laboratorium Biologi, Kimia, dan Fisika, serta bantuan bahan pustaka. Pembangunan Kampus FMPA Uncen merupakan salah satu proyek fisik yang pendanaanya bersumber dari dana proyek ADB.
Program kerja sama antara Uncen dan CIDA Canada, merintis pendirian Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FMIPA) . Pada tanggal 26 Februari 1998, Fakultas Matematika dan ilmu Pengetahuan Alam resmi di buka berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI.No : 045/O/1998.
Pada saat pembukaan , Fakultas MIPA terdiri dari 4 (empat) program stusdiprogram studi strata satu ( S1) : Program Studi Matematika , program Studi Biologi,Program Studi Kimia , dan Program studi Fisika . Ijin penyelenggaraan ke empat program studi tersebut sesuai dengan surat Direktur Jendral Pendidikan TinggiDepartemen Pendidikan Nasional Nomor : 3208/D/T/2002, tanggal 28 Oktober 2002. Selanjutnya pada tahun 2011 berdiri 2 (dua) yaitu program studi Farmasi dan prgram studi Kelautan, kemudian pada tahun 2013 menyusul pembukaan 2 (dua) dua program studi baru, yaitu : Program studi Sistem Informasi dan program studi Teknik Geofisika, dan Pada tahun 2016 dibuka 2 (dua) Program studi baru yaitu : Program Studi Ilmu Perkanan, dan Program studi Statistika. Pada Tahun 2023 di buka satu lagi program studi Teknologi Pangan
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) saat ini terdiri 11 (sebelas ) program studi S1 dan satu program Studi Magister.
