Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Cenderawasih diawali dengan adanya Program kerja sama antara Uncen dan CIDA Canada. Kdua institus ini berkolaborasi dalam merintis pendirian Fakultas Matematika dan Ilmu pengetahuan Alam (FMIPA) . Pada tanggal 26 Februari 1998, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam  resmi di buka berdasarkan surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI.No : 045/O/1998.

Pada saat pembukaan , Fakultas MIPA terdiri dari 4 (empat) program stusdiprogram studi strata satu ( S1)   : Program Studi Matematika   , program Studi Biologi,Program Studi Kimia , dan Program studi Fisika .

Dalam perkembangannya, FMIPA telah menghasilkan ribuan Alumni yang bekerja dan mengabdi di Papua serta Indonesia dan menempati posisi yang strategis dalam pengembangan Papua.

Fakultas MIPA Terus berinovasi, untuk berkarya bukan saja pada sains murni, namun juga menghasilkan karya terapan yang dapat langsung dirasakan oleh masyarakat. Saat ini FMIPA terdiri dari 11 Program Studi, yaitu:

  1. Program Studi Matematika
  2. Program Studi Biologi
  3. Program Studi Fisika
  4. Program Studi Kimia
  5. Program Studi Farmasi
  6. Program Studi Ilmu Kelautan
  7. Program Studi Geofisika
  8. Program Studi Sistem Informasi
  9. Program Studi Statistika
  10. Program Studi Ilmu Perikanan
  11. Program Studi Magister Biologi