Beberapa kerja sama dalam upaya pencapaian Visi Misi dan Tujuan FMIPA dengan stakeholder adalah kerja sama berikut ini:
- Kerjasama FMIPA UNCEN dengan Universitas Terbuka (UT)
Dengan Sumber daya manusia yang ada, Fakultas MIPA UNCEN melayani pengajaran dalam bidang Sains Dasar khususnya biologi bagi mahasiswa-mahasiswa UT termasuk untuk kegiatan praktikum. Kegiatan ini dilakukan setiap tahun yaitu pada bulan JuliAgustus. - Kerjasama dengan Balai Konservasi Sumber Daya Alam
Fakultas MIPA berperan aktif bersama BKSDA melakukan survey terhadap SDA Papua dan merumuskan berbagai kebijakan terkait upaya konservasi. - DIRPOLAIRUD POLDA Papua
Kerjasama dengan DIRPOLAIRUT POLDA Papua, telah memungkinkan jurusan kelautan dan perikanan dapat melakukan berbagai survey baik, survey bawah laut maupun daerah pesisir yang mana semua fasilitas survey disediakan oleh DIPOLAIRUD.
Kegiatan lainnya adalah penanaman kembali hutan maggrove yang sudah menjadi agenda tahunan untuk dilakukan setiap bulan Juli. - Universitas Rhode Island (URI) dan Gotingen University
Beberapa kegiatan akademik yang sudah dilakukan bersama URI dan Gotingen University adalah kuliah umum, penelitian bersama dan kegiatan seminar Internasional.
Kerja sama ini masih terus berlanjut dan beberapa dosen FMIPA UNCEN akan melanjutkan studi dan Postdoctor-nya di kedua universitas tersebut.