Kegiatan pengabdian/pelayanan kepada masyarakat sebagai salah satu aspek dari tri dharma perguruan tinggi secara konsisten dilakukan oleh para staf dosen sesuai dengan kompetensi dan bidang ilmunya masing-masing. Kegiatan pengabdian masyarakat dipandang juga sebagai bagian yang utuh dari keseluruhan kegiatan akademik. Ada beragam kegiatan pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan, meliputi: penyuluhan, konsultasi, pemecahan masalah, dan lain sebagainya. Dengan keahlian yang dilmiliki beberapa orang dosen juga sudah mulai muncul sebagai sumber rujukan atas berbagai persoalan di provinsi Papua.
Seiring dengan perkembangan yang ada, pihak fakultas terus mendorong dan memfasilitasi dosen dosen untuk memperoleh pendanaan pemerintah dalam pelaksanaan pengabdian kepada masyarakat. Pada sisi lain, kebijakan juga mendorong agar dapat dicapai kerjasama pengabdian masyarakat melalui lembaga-lembaga lain, seperti pemerintah daerah baik kabupaten/kota, lembaga swadaya masyarakat (LSM), maupun swasta lain.
Kegiatan pelayanan/pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan oleh para dosen di lingkungan FMIPA Universitas Cenderawasih telah berjalan dengan baik secara periodik dan banyak melibatkan mahasiswa serta kalangan sivitas akademika. Keterlibatan semua stakeholder dalam bidang pelayanan atau pengabdian kepada masyarakat sesuai dengan visi-misi fakultas yang menitikberatkan pada pengabdian kepada masyarakat Papua dan lingkungannya berbasis sumber daya alam Papua. Seperti pada kegiatan Penelitian, kegiatan Pengabdian masyarakat yang telah dilakukan juga telah dalam arah yang benar untuk mendukung tercapainya Visi dan Misi Fakultas MIPA. Kendala yang dihadapi terutama dalam hal ketersediaan sarana dan prasarana pelayanan yang masih minim, ketersediaan waktu dosen karena kegiatan akademik terutama dalam hal pengajaran, selain itu juga kendala kebutuhan dana pengabdian secara berkelanjutan. Peningkatan layanan dan pengabdian kepada masyarakat oleh FMIPA kedepan berorientasi pada peningkatan jumlah dan kualitas layanan berbagai pengukuran di laboratorium (praktikal) dan bidang kajian teoritis lainnya (komputasional).