Perkembangan sains, teknologi, sosial dan ekonomi dewasa ini merupakan tantangan yang sangat besar bagi kita. Dunia pendidikan adalah pusat dari segala perubahan. Dinamika internal dan eksternal telah dan ikut mempengaruhi FMIPA Uncen untuk menjadi yang terkemuka di tingkat regional Papua, wilayah Indonesia Timur dan Nasional. Perkembangan sains dan teknologi yang sangat cepat dewasa ini menuntut FMIPA sebagai pusat keunggulan (center of excellent) hadir untuk menjawab permasalahan masyarakat, antara lain: kebutuhan pasar kerja terhadap lulusan sains terapan dan pengembangan IPTEK inovatif dalam pembanfaatan SDA secara berkelanjutan. Fakultas MIPA pada tahun 2011 membuka dua program studi jenjang pendidikan sarjana (S1) yaitu program studi Farmasi dan Prgrams studi Ilmu Kelautan, kemudian tahun 2012 dibuka dua program studi yaitu Program studi Sistem Informasi dan teknik geofisika. Selanjutnya pada tahun 2017 dibuka program studi ilmu Perikanan dan Statistika.